Le microbiote vaginal, cet écosystème encore mal compris

Le microbiote vaginal représente moins de 10 % de l'ensemble du microbiote humain, selon une synthèse publiée en 2025 dans PLOS Pathogens. Son influence, elle, est intrinsèquement liée à la santé des femmes, et peut conditionner le risque d’infections sexuellement transmissibles, peser sur le déroulement d’une grossesse, et intervenir dans la fertilité.

Il reste pourtant l’un des grands microbiotes les moins caractérisés, contrairement au microbiote intestinal, dont l’étude s’est multipliée depuis une quinzaine d’années. 

Épidémiologiste, Jeanne Tamarelle a consacré sa thèse à la composition et les dynamiques du microbiote vaginal, avant de poursuivre ses recherches au CNRS.

CE QUE L’ON SAIT DE CE MICROBIOTE

Un microbiote, rappelle la chercheuse, « est un ensemble de micro-organismes, tels que les bactéries, les virus ou les champignons, qui vivent en équilibre dynamique dans un environnement particulier, de manière symbiotique — c'est-à-dire en contribuant et en bénéficiant de cet environnement ». « L'essentiel des travaux actuels [sur le microbiote vaginal] portent sur la composante bactérienne », la méthode de séquençage employée en routine visant l'ADN des bactéries.

C'est cette composante bactérienne qu'une étude publiée en 2010 dans les Proceedings of the National Academy of Sciences a cartographiée pour la première fois à grande échelle. En séquençant l'ADN bactérien du vagin de 396 femmes nord-américaines ne présentant pas de symptômes, elle a dégagé cinq grands profils, les community state types, « que l'on retrouve partout sur la planète, en proportions variables selon les populations » précise la chercheuse. 

Quatre reposent sur la domination presque exclusive d'une seule espèce de lactobacilles. Sous l'effet des œstrogènes, la muqueuse vaginale stocke du glycogène, un sucre que les lactobacilles transforment en acide lactique. L'acidité qui en résulte maintient le pH entre 3,5 et 4,5 et rend le milieu difficilement colonisable par d'autres bactéries.

Le cinquième, dit divers, rassemble « un mélange de plusieurs bactéries anaérobies », capables de vivre sans oxygène. Aucune n'est un agent infectieux au sens classique du terme, et on les retrouve chez la moitié des femmes sans le moindre symptôme.

Mais, parmi les quatre espèces de lactobacilles dominantes, l’une d’elles, Lactobacillus iners, fabrique une toxine capable d'attaquer les cellules de la muqueuse, et forme des communautés parmi les moins stables. « La représentation dominante est que les lactobacilles, "c'est bien", mais ce n'est pas si clair » convient Jeanne Tamarelle.

Le type de bactéries que l'on héberge n’en reste pas moins un paramètre de santé. Comme l’explique la chercheuse, l'absence de lactobacilles est associée à un risque deux à trois fois plus élevé de contracter une chlamydiose ou le VIH, et à un risque accru d'accouchement prématuré. Il pèse aussi sur le quotidien, puisque « certains états de dysbiose du microbiote vaginal peuvent être associés à des symptômes qui sont déjà en soi pénibles voire stigmatisants », note la chercheuse. Parmi eux : des pertes abondantes, une odeur caractéristique qui s'accentue après un rapport sexuel, parfois des démangeaisons ou des brûlures. 

UNE RÉFÉRENCE PROPRE À CHACUNE 

Comment, dès lors, distinguer un microbiote en bonne santé d'un microbiote qui ne l'est pas ? « Les notions telles que "sain" ou "normal" (et à l'inverse "pathologique") sont difficiles à définir », prévient la chercheuse. Une femme sans symptôme est-elle en bonne santé pour autant ? Si sa flore double son risque d'IST alors qu'elle n'a pas de vie sexuelle exposée, doit-elle s'inquiéter ?

Dans les laboratoires, on parle de microbiote « optimal » ou « sous-optimal », selon le niveau de risque associé. « Mais "optimal" est un terme qui hiérarchise », souligne Jeanne Tamarelle. « Il semblerait que chaque femme cis-genre [il existe très peu d’études sur les hommes trans suivant une hormonothérapie et sur les femmes trans ayant un néovagin] ait un microbiote propre, relativement stable dans le temps », explique-t-elle. 

Le déséquilibre s'entend dès lors par rapport à cette norme individuelle, qui n'est pas la même d'une femme à l'autre. « Le microbiote vaginal change lors de grandes étapes de la vie : la puberté, les éventuelles grossesses, la ménopause, la transition sexuelle pour les personnes concernées ayant des traitements hormonaux. » Le cycle menstruel produit, lui, des variations plus brèves et réversibles. « Il y a moins d'œstrogènes, le pH est plus élevé, l'acidité est moins forte. Donc la composition du microbiote change un peu, mais se remet en général à son état d'équilibre habituel à la fin des règles. »

Certaines femmes, enfin, vivent durablement avec un microbiote divers, dépourvu de lactobacilles, que la recherche classe pourtant comme sous-optimal face aux IST. « C'est leur microbiote, leur équilibre », insiste Jeanne Tamarelle, qui met en garde : « Attention à ne pas créer de nouvelles représentations péjoratives ou injonctions sociales sur le corps des femmes. » 

« En clinique, l'état du microbiote vaginal est très peu évalué, à moins qu'il n'y ait une plainte de la part d'une patiente », rapporte la chercheuse. Le premier indice est le pH, plus bas quand les lactobacilles dominent. L'examen peut aller jusqu'au score de Nugent, lu au microscope à partir d'un prélèvement : « on y voit la forme des bactéries, et l'on peut dire si le microbiote est plutôt à dominante lactobacilles ou pas ».

En leur absence, le compte rendu parle de « vaginose bactérienne », la cause la plus fréquente de pertes vaginales chez les femmes en âge de procréer, qui récidive dans plus de la moitié des cas dans les trois mois suivant le traitement. L'étiquette « laisse penser que quelque chose ne va pas », relève la chercheuse. Or ce même profil peut correspondre à l'équilibre habituel, et sans gêne. Auquel cas deux questions se posent : est-ce là sa flore de toujours, et présente-t-elle des symptômes ?

La recherche dispose d'un outil plus fin, le séquençage à haut débit, encore trop coûteux pour la pratique courante. « Il s'agit de récupérer l'ADN présent dans un échantillon, d'en extraire la partie bactérienne et d'identifier à quelles espèces appartiennent ces morceaux d'ADN bactérien grâce à des bases de données de référence. » Sans lui, le microbiote habituel d'une patiente reste inconnu, et le point de comparaison manque.

LES LIMITES DU RÉÉQUILIBRAGE

Certains déséquilibres s'installent plus durablement, sans lien avec le cycle, et leurs causes restent mal cernées. Les antibiotiques sont des suspects, « cependant tous les antibiotiques ne ciblent pas toutes les bactéries », nuance la chercheuse. Ses propres travaux le montrent : les traitements de l'infection à Chlamydia, azithromycine ou doxycycline, épargnent largement la flore vaginale, tandis que le métronidazole, dirigé contre les anaérobies, bouleverse les microbiotes divers.

Du côté de l'hygiène, plusieurs études associent les douches vaginales, qui consistent à nettoyer l'intérieur du vagin avec de l'eau ou des produits parfois vendus en pharmacie, à des effets délétères. « L'intérieur du vagin n'a pas besoin d'être nettoyé, il n'est pas sale ».

Les pratiques sexuelles constituent le terrain le plus discuté, et le plus difficile à documenter, « du fait des tabous qui les entourent ». Un essai australien publié en 2025 dans le New England Journal of Medicine a comparé le traitement standard, administré à la femme seule, à un traitement étendu au partenaire masculin. Le second a divisé par deux les récidives de vaginose, au point que l'essai a été arrêté avant terme. « Cela laisse penser que le partenaire masculin est une source de ré-ensemencement des bactéries anaérobies menant à un microbiote divers, et donc que les pratiques sexuelles jouent un rôle crucial », commente Jeanne Tamarelle.

Faut-il pour autant classer la vaginose parmi les IST ? « Une IST est par définition sexuellement transmise, mais elle l'est surtout exclusivement [...]. Or le microbiote divers est quelque chose que l'on peut avoir de manière habituelle, et sans rapport sexuel. Donc même si certaines pratiques sexuelles peuvent transmettre les bactéries qui le composent, on peut difficilement le qualifier d'IST ».

Ces incertitudes n'ont pas empêché le développement d'une offre commerciale abondante. Certains produits « peuvent apporter des solutions ou du soulagement aux femmes », d'autres « surfent sur le marché des peurs, des représentations et des injonctions sur le corps des femmes. Il n'est pas facile de faire la part des choses », reconnaît Jeanne Tamarelle. En outre, les produits existants se heurtent à la variabilité individuelle. « Puisque nous n'avons pas toutes le même microbiote de référence, il est possible que certains probiotiques marchent pour certaines et pas pour d'autres. Montrer leur efficacité globale dans ce contexte-là risque d'être difficile ».

Pour les vaginoses symptomatiques, l'association d'antibiotiques et de probiotiques demeure tout de même la voie principale. « Il me semble que les résultats décevants le sont parfois du fait d'une définition peu claire de la vaginose bactérienne », avance Jeanne Tamarelle. Chez une femme dont la flore diverse est l'état habituel, « je doute qu'essayer d'implanter des lactobacilles dans ce contexte fonctionne ». Chez une autre, habituée aux lactobacilles et momentanément déséquilibrée, « il y a des chances qu'un traitement [...] adapté à son microbiote et administré de la bonne manière puisse rétablir l'équilibre ».

Ainsi, pour la chercheuse, la piste la plus prometteuse n'est ni interventionniste, ni réellement thérapeutique, c'est une piste préventive. « Connaître la nature de son microbiote permet de mieux comprendre les risques auxquels on s'expose, par exemple savoir qu'il y a un risque augmenté de naissance prématurée avec un microbiote divers, d'être mieux suivie, et s'il y a un problème, penser une solution adaptée à chaque personne ».