Le premier réservoir animal de la peste serait... la marmotte

Seuls quelques détails ont filtré sur les circonstances de la mort d’une technicienne de laboratoire à l’Institut anti-peste d’Irkoutsk, dans le sud de la Sibérie. Et bien que les versions officielles divergent, les premiers rapports évoquent une infection pulmonaire mortelle, possiblement liée à Yersinia pestis, la bactérie responsable de la tristement célèbre peste noire du 14^e siècle.

La peste se transmet généralement par des puces qui piquent successivement différents animaux. Mais un autre animal, endémique de Sibérie, a probablement joué un rôle clé dans les premières infections humaines il y a plusieurs milliers d’années : la marmotte, un gros rongeur fouisseur de la taille d’un chat domestique, qui constitue un important réservoir de l’un des agents pathogènes les plus redoutables pour l’humanité.

Plus tôt cette année, une équipe internationale de scientifiques a annoncé que la plus ancienne épidémie humaine de peste connue s’était produite non loin de l’actuelle ville d’Irkoutsk, près du lac Baïkal, dans le sud-est de la Sibérie. Les chercheurs dirigés par Ruairidh Macleod, de l’université d’Oxford, ont publié la preuve de la présence de Y. pestis chez dix-huit individus enterrés dans des cimetières de chasseurs-cueilleurs de cette région, datant d’il y a environ 5 500 ans.

Selon Macleod, ces chasseurs-cueilleurs ont probablement contracté l’infection auprès des marmottes locales. Les éléments incriminant ces animaux sont d’ordre archéologique : des tombes de la même région et de la même époque que l’épidémie du Baïkal contenaient des centaines d’incisives de marmottes. Ces longues dents recourbées étaient manifestement prisées comme ornements et inhumées avec les défunts. « Les marmottes sont vraiment la seule espèce vectrice de la peste pour laquelle nous disposons de preuves archéologiques claires attestant d’interactions étroites avec les humains », ajoute-t-il.

La transmission de la peste entre marmottes et humains s’est poursuivie au fil des millénaires. Dans les années 1870, des expéditions menées en Sibérie sont revenues avec l’hypothèse que la peste circulait chez les marmottes et infectait les personnes qui les manipulaient, explique Susan Jones, historienne et vétérinaire à l’université du Minnesota, qui étudie depuis une décennie le système soviétique de lutte contre la peste. Lors d’une épidémie survenue en Mandchourie entre 1910 et 1911, qui a fait environ 60 000 morts, des chasseurs locaux ont indiqué aux enquêteurs qu’ils pensaient que ces animaux les rendaient malades.

Pour autant, les marmottes n’ont jamais perdu leur importance culturelle auprès des populations des steppes d’Asie centrale. Le boodog, une marmotte cuite dans sa propre peau avec des pierres chauffées à blanc, est un plat national en Mongolie, où beaucoup considèrent encore ses organes comme bénéfiques pour la santé, et où la chasse se poursuit malgré son interdiction. La consommation de viande crue de marmotte a été associée à plusieurs cas de peste : en 2020, des scientifiques ont décrit le cas dans l’ouest de la Mongolie d’un couple marié ayant consommé des organes crus de marmotte, ce qui a causé leur mort. Plus récemment, un garçon de quinze ans est mort dans une province voisine après avoir chassé puis mangé l’un de ces mammifères.

Alors que les humains constituent généralement une impasse épidémiologique pour la peste, les marmottes sont d’excellents hôtes à long terme pour la bactérie, explique Nils Stenseth, écologue spécialiste de la peste à l’université d’Oslo. En réalité, les marmottes tarbaganes survivent à l’infection dans 50 à 80 % des cas. Elles vivent sous terre dans des colonies denses et très sociales, où des familles élargies d’une douzaine d’individus ou plus partagent les mêmes galeries. Les puces passent sans cesse d’un animal à l’autre. « C’est exactement le type d’environnement pour lequel les agents pathogènes sont faits », souligne Macleod. Les terriers offrent également un refuge idéal à la bactérie durant l’hiver, lorsque les marmottes hibernent. Des chercheurs russes ont ainsi observé que Y. pestis pouvait rester vivante pendant plus de 400 jours dans la litière des nids de rongeurs.

C’est dans cet univers souterrain qu’est née la maladie qui allait tourmenter les empires humains. Yersinia pestis s’est séparée d’une bactérie intestinale apparentée il y a plusieurs milliers d’années, et les souches retrouvées près du lac Baïkal ne possédaient pas encore l’outil le plus important de son arsenal : un gène appelé ymt. L’ADN ancien permet de dater son apparition entre environ 1686 et 951 avant notre ère.

Le gène ymt facilite l’infection humaine en incitant les puces infectées à piquer davantage d’animaux, y compris des humains. Pour ce faire, il obstrue l’intestin de la puce à l’aide d’un bouchon visqueux. Après avoir ingéré la bactérie, l’insecte se retrouve affamé. Et une puce affamée pique frénétiquement, encore et encore, tout organisme à sang chaud qu’elle rencontre. C’est ainsi qu’une maladie animale finit par atteindre l’être humain. Stenseth et ses collègues ont même montré que la bactérie adapte ce bouchon aux circonstances, bloquant plus complètement les puces lorsque les rongeurs se font rares et sont plus difficiles à trouver.

La météo régule l’ensemble du système. Dans les steppes d’Asie centrale, quelques années relativement chaudes sans être caniculaires, humides sans être excessivement pluvieuses, permettent à Y. pestis de se développer discrètement chez les rongeurs. Lorsque la sécheresse s’installe, les populations de rongeurs s’effondrent et les puces deviennent soudain plus nombreuses que leurs hôtes. « Les puces deviennent trop nombreuses et s’agitent », souligne Nils Stenseth. Elles se rabattent alors sur tout ce qui reste : bétail, chats, humains.

Les scientifiques de l’Institut d’Irkoutsk comprenaient cet équilibre fragile grâce à une théorie formulée en 1939 par le parasitologue Evgueni Pavlovski, qui considérait la maladie comme une propriété du paysage : agent pathogène, rongeur, puce, sol, eau et climat y occupaient tous une place égale, l’être humain n’arrivant qu’ensuite dans cette configuration.

À l’inverse, les planificateurs soviétiques pensaient que le paysage pouvait être contraint de se conformer à leur volonté. Les campagnes d’éradication de la peste qui se sont poursuivies pendant une grande partie du 20^e siècle étaient l’expression de cette théorie sous-jacente, explique Jones : « Si nous mobilisons suffisamment de connaissances et de ressources, nous pouvons contrôler n’importe quelle situation naturelle, n’importe quel événement, n’importe quel paysage. »

Les marmottes ont survécu à ces tentatives, tout comme la peste. En 1990, les campagnes d’extermination ont pris fin, et leur échec a confirmé ce que les scientifiques affirmaient depuis le début : certaines maladies appartiennent tout simplement aux écosystèmes qui les ont vues naître, et tout ce que nous pouvons faire est d’apprendre à vivre avec elles.