Coronavirus : pourquoi le variant Delta inquiète

Les experts en santé publique s’inquiètent de plus en plus de la progression du variant Delta, identifié pour la première fois en Inde en mars, qui pourrait engendrer des augmentations brutales des cas et des décès dans le monde.

Le variant Delta est responsable de 6 % des contaminations dans le monde à l'heure actuelle. Il s’est déjà propagé dans plus de soixante-dix pays et est actuellement la forme dominante de la COVID-19 en Inde, au Royaume-Uni et à Singapour. La deuxième semaine de juin, au Royaume-Uni, plus de 90 % des nouveaux cas de coronavirus étaient dus à ce variant, un bond de 65 % depuis le 1^er mai. Afin de freiner la propagation du variant Delta, le 14 juin le gouvernement britannique a décidé de reporter « la journée de la Libertés » qui devait signer la fin des restrictions au sein de l’espace public.

Ce variant est 60 % plus transmissible que le variant Alpha, identifié pour la première fois au Royaume-Uni, lequel était déjà 50 % plus transmissible que la souche initiale en provenance de Wuhan. « Il s’agit d’un variant qui se propage très vite, c’est inquiétant », déclare Eric Topol, fondateur et directeur du Scripps Research Translational Institute. Il possède des caractéristiques qui lui permettent de contrer le système immunitaire. En outre, il est peut-être plus évasif que le variant Beta (B.1.351) identifié pour la première fois en Afrique du Sud. Avant Delta, il s’agissait de la forme la plus inquiétante de la maladie, explique M. Topol. « De plus, il possède la plus haute transmissibilité que nous ayons jamais vue. C’est une très mauvaise combinaison. »

En France, si la situation sanitaire s'améliore au niveau national, le variant Delta progresse rapidement dans le département des Landes, où il représente désormais 30 % des cas du département.

Une vaccination complète serait efficace pour empêcher la survenue des formes graves de la COVID-19, y compris celles du variant Delta.

POURQUOI LE VARIANT DELTA EST-IL SI INQUIÉTANT ?

Les virus qui circulent librement, notamment les coronavirus et les virus de la grippe, mutent souvent et de façon aléatoire. Leurs instructions génétiques sont codées à partir d’une molécule d’ARN et il arrive que des erreurs de copie soient introduites lors de leur réplication dans les cellules hôtes humaines. Certaines mutations permettent au virus d’échapper aux anticorps, d’autres améliorent leur capacité à infecter les cellules tandis que d’autres encore passent inaperçues car elles ne confèrent aucun avantage, voire affaiblissent le virus.

L’impressionnant développement du variant Delta s’explique par sa collection de mutations accumulées au sein de la protéine spike. Elle recouvre le SARS-CoV-2 et lui donne cet aspect « couronné » significatif. Ces mutations ont modifié la forme de la protéine et, par conséquent, il est possible que certains anticorps déjà existants ne puissent plus se fixer correctement au virus ou moins souvent, explique Markus Hoffmann, biologiste spécialiste des maladies infectieuses au Leibniz Institute for Primate Research en Allemagne. M. Hoffman et d’autres ont démontré que le variant Delta, ainsi que Kappa, une forme très apparentée, échappaient aux anticorps générés lors de précédentes infections ou produits après la vaccination. Certains traitements par anticorps synthétiques, tels que le bamlanivimab, n’ont pas réussi à neutraliser le variant Delta. Toutefois, d’autres comme l’etesivimab, le casirivimab ou encore l’imdevimab ont gardé leur efficacité.

Le variant Delta présente des mutations sur la protéine spike qui modifient la manière dont elle interagit avec l’enzyme ACE2. Elle tapisse la surface des cellules pulmonaires, entre autres, et sert de portail d’entrée pour envahir les cellules. La mutation qui se trouve en position 452 de la protéine spike semble rendre le virus plus transmissible et faciliter sa propagation au sein de la population, explique Mehul Suthar, immunologiste au centre de vaccination Emory à Atlanta.

Si une mutation confère à un virus un avantage sélectif ou reproductif, elle a tendance à évoluer de manière indépendante dans le monde entier. Le variant Delta, les autres très apparentés ou encore le variant Alpha, hautement contagieux, portent tous une mutation en position 681 de la protéine spike. Il s’agit d’une évolution majeure qui permet au SARS-CoV-2 d’envahir la cellule hôte plus facilement et de se reproduire plus efficacement. Cette mutation devient de plus en plus courante dans les virus de la COVID-19 à travers le globe.

Outre ces mutations, une récente étude a montré une variation en position 478 de la protéine spike du variant Delta qui permet au virus d’échapper aux anticorps neutralisants déjà faibles. Elle n’a pas encore été examinée par les pairs. Depuis début 2021, ladite mutation est également de plus en plus courante chez les variants du SARS-CoV-2 en Europe, aux États-Unis et au Mexique.

« Lorsqu’il y a autant de mutations, on commence à voir une différence dans l’infectiosité [du virus] », assure Ravindra Gupta, professeur de microbiologie clinique à l’université de Cambridge. Il a expliqué dans une étude non publiée comment ces variants présentaient un risque accru de causer des maladies.

Les données en provenance d’Inde et du Royaume-Uni montrent que le variant Delta est devenu dominant dans ces pays en l’espace de quatre à six semaines. Cette conclusion atteste de la haute transmissibilité et infectiosité du variant en comparaison aux précédents. De nouvelles preuves indiquent qu’il pourrait également causer des formes plus graves de la maladie. Par exemple, en Écosse il a été à l’origine de deux fois plus d’hospitalisations que pour le variant Alpha, lequel a déjà causé davantage de formes graves que la souche initiale de SARS-CoV-2.

« Cette combinaison de haute transmissibilité, de forte sévérité et de résistance au vaccin rend le variant Delta très, très dangereux », prévient Deepti Gurdasani, épidémiologiste clinique à la Queen Mary University of London. Une fois que ce variant pénètre dans un pays, il se propage rapidement. « Il sera difficile à contenir et deviendra rapidement le variant dominant en l’espace de quelques semaines. Il pourrait changer le cours de la pandémie à l’échelle mondiale. »

Alors que les vaccins sont encore efficaces contre les formes graves de la maladie et préviennent les hospitalisations face aux variants Alpha et Beta, ils offrent une protection moins élevée contre le Delta. Les personnes vaccinées avec une ou deux doses du vaccin Pfizer produisent moins d’anticorps capables de neutraliser le variant Delta que ceux générés contre les variants Alpha et Beta. Au Royaume-Uni, 31 % des cas confirmés infectés par le variant Delta ayant eu besoin de soins d’urgence avaient reçu au moins une dose de vaccin.

De même, une étude en cours d’examen a révélé qu’après deux doses, le vaccin Pfizer a démontré une efficacité de 88 % contre les formes symptomatiques du variant Delta contre 93 % pour le variant Alpha. Deux doses du vaccin AstraZeneca protègent à 66 % contre la forme Alpha et à seulement 60 % pour Delta. Pour les deux vaccins, avec une seule dose l’efficacité baisse à 51 % pour le variant Alpha et à 33 % contre le variant Delta. Ces taux sont bien inférieurs au seuil de 50 % fixé par les autorités de santé pour concevoir des vaccins sûrs contre la COVID-19. En d’autres termes, un vaccin doit protéger au moins la moitié des personnes vaccinées face aux symptômes de la maladie.

Dans d’autres études en attente d’examen, les chercheurs ont indiqué que le variant Delta était responsable de la plupart des infections post-vaccinales en Inde. Cette situation a conduit à la formation de clusters chez les professionnels de santé complètement vaccinés.

De nombreux candidats vaccins sont en cours de développement dans le monde. Puisqu’il n’existe pas de consensus quant aux critères d’efficacité à l’échelle internationale, il est probable que chaque vaccin offre un degré de protection différent face aux variants. « Nous avons besoin de plus d’informations concernant la performance de certains des vaccins les plus accessibles dans les autres régions du monde », souligne Benjamin Pinsky, médecin et virologue à l’école de médecine de l’université de Stanford. « Je pense que les gens doivent s’assurer de se faire vacciner. Et jusqu’à ce qu’ils soient complètement vaccinés, il faut poursuivre les mesures de [protection] sanitaire. »

À lui seul, un vaccin ne peut que ralentir la progression d’une maladie contagieuse en augmentant l’immunité collective. En attendant, les mesures préventives telles que la distanciation sociale et le port du masque se sont avérées efficaces pour freiner la propagation du virus.

Avec seulement 24,9 % de la population française entièrement vaccinée, la majorité de ce pays est encore vulnérable. Assouplir les restrictions sanitaires et crier victoire trop tôt pourrait offrir l’opportunité au variant Delta de proliférer, notamment à l’automne.

Une étude à paraître suggère l’existence potentielle de variations saisonnières pour la COVID-19 grâce aux analyses des données après un an de pandémie en Europe et en Israël. Selon M. Topol, même si cette saisonnalité n’est pas encore bien définie, il est clair que lorsque nous passons davantage de temps à l'intérieur, avec une mauvaise ventilation et des taux d’humidité faibles, le virus se propage davantage.

La situation actuelle du Royaume-Uni pourrait survenir dans bien d’autres pays. « Nous devrions garder les distanciations sociales après la vaccination, car il y aura toujours la possibilité d’infections post-vaccinales puisque les vaccins peuvent s’avérer imparfaits contre les nouveaux variants », conseille Kei Sato, virologue à l’université de Tokyo. Il étudie les effets des mutations sur la transmission du variant Delta et d’autres nouveaux variants.

« Plus ce type de variants se propagent, notamment chez les patients non vaccinés, plus ces virus mutent et finissent par sélectionner des mutations qui leur permettent de mieux résister aux anticorps. En théorie, cette évolution pourrait rendre les vaccins moins efficaces contre ces variants », avertit M. Suthar.

Si nous ne prenons pas le variant Delta au sérieux, « il y aura une nouvelle vague aux États-Unis. Nous pouvons d’ores et déjà remarquer que la chute du nombre de cas a atteint un plateau », alerte M. Gupta. M. Topol admet que si nous négligeons ce variant, « nous constaterons une augmentation considérable des cas au sein des régions vulnérables, davantage d’hospitalisations et la pandémie durera plus longtemps ».