Qui sera le prochain hôte animal du coronavirus ?

Pour les scientifiques, le risque infime que le coronavirus trouve un nouvel hôte animal avant de réinfecter l'Homme est réel.

Monday, April 6, 2020,
De Anthony King
En 2013, les scientifiques ont découvert que la chauve-souris rhinolophe intermédiaire (Rhinolophus affinis) pouvait être porteuse d'un ...

En 2013, les scientifiques ont découvert que la chauve-souris rhinolophe intermédiaire (Rhinolophus affinis) pouvait être porteuse d'un coronavirus très similaire au SRAS-CoV-2, le virus responsable de l'actuelle pandémie.

Photographie de FLETCHER & BAYLIS, SCIENCE SOURCE

Alors que le COVID-19 se propage partout dans le monde, une grande partie des efforts de la communauté scientifique et des autorités avait pour objectif premier d'endiguer la propagation du virus et de traiter au mieux les personnes infectées. Mais pour les virologues, il faut aussi porter notre attention sur un sujet corollaire : la recherche de futurs hôtes dans le règne animal. Les experts estiment qu'il est possible que le virus touche une nouvelle espèce, mute et puisse à nouveau infecter les Hommes à l'avenir.

« Alors que le virus se propage dans le monde entier, il pourrait trouver de nouveaux hôtes réservoirs [en dehors de] la Chine», explique le virologue Ralph Baric de l'Université de Caroline du Nord. « Nous n'en savons rien. C'est une chose à laquelle tous les pays doivent penser quand les épidémies se terminent. »

Les chauves-souris hébergent des milliers de types de coronavirus sans pour autant succomber à la maladie qu'ils peuvent induire, et ces virus - entre autres - ont la capacité d'infecter de nouvelles espèces. Parfois, ils mutent en cours de route pour s'adapter à leur nouvel hôte ; mais parfois ils peuvent trouver un nouvel hôte sans pour autant muter.

Les coronavirus sont connus pour infecter les mammifères et les oiseaux, comme les chiens, les poulets, les bovins, les porcs, les chats, les pangolins et les chauves-souris. La crise sanitaire mondiale que nous connaissons a probablement commencé avec une chauve-souris rhinolophe infectée par un coronavirus en Chine. De là, le germe a peut-être sauté vers une espèce intermédiaire, puis a infecté l'Homme. 

Les virologues cherchent aujourd'hui à prédire quelles espèces pourraient être les réservoirs les plus probables. Le risque que le virus s'installe chez une nouvelle espèce animale - dont les spécimens l'hébergeront pendant un certain temps avant de le transmettre à l'Homme - est faible, explique Lin-Fa Wang, virologue au Duke Global Health Institute à Singapour. Mais cela vaut toujours la peine de s'y préparer, dit Baric, car cela pourrait avoir pour conséquence une résurgence de la pandémie.

 

LES ESPÈCES SOUPÇONNÉES

Nous savons déjà que certains animaux de compagnie peuvent être infectés par le virus qui cause le COVID-19. Un spitz nain et un berger allemand ont été testés positifs à Hong Kong. Plus récemment un chat domestique en Belgique et un tigre malais du zoo du Bronx, à New York, ont eux aussi été testés positifs.

Les chercheurs s'intéressent plus largement à tout animal que le coronavirus pourrait infecter, qu'il le rende ou non malade. La précision est d'importance car le virus pourrait se propager parmi les animaux sans qu'on s'en aperçoive avant de réinfecter les Hommes.

Un pangolin de Temminck boit dans une flaque d'eau dans un centre au Zimbabwe. Les pangolins sont connus pour être porteurs d'une variété de coronavirus, et les pangolins javanais - endémiques d'Asie du Sud-Est - se sont avérés être porteurs d'une souche du virus qui est à 92,4 % génétiquement similaire au nouveau coronavirus.

Photographie de Brent Stirton, Getty/National Geographic

Les virologues peuvent tenter de prédire quelles seront les futures espèces hôtes en ayant recours à des modélisations 3D. Selon une découverte récente, pour que le virus pénètre dans une cellule pour se répliquer, une de ses protéines en forme de pointe doit se lier à un récepteur enzymatique à la surface de certaines cellules animales. Le récepteur, appelé protéine ACE2, est la poignée de porte, et la protéine à pointe la clef qui la déverrouille. La modélisation informatique en trois dimensions peut aider à déterminer quels animaux ont des ACE2 qui peuvent être « déverrouillés » par la protéine à pointe du coronavirus. 

En comparant les récepteurs ACE2, une étude datée de mars 2020 a identifié un certain nombre d'espèces que le nouveau coronavirus pourrait infecter, dont les pangolins, les félins, les vaches, les buffles, les chèvres, les moutons, les pigeons, les civettes et les porcs.

Les scientifiques recherchent également des hôtes potentiels en exposant les cellules de divers animaux au virus, pour voir quelles espèces pourraient réellement être infectées. C'est ce que fait le laboratoire de Ralph Baric, en se concentrant sur une variété d'espèces animales aux États-Unis, bétail compris. Une expérience récente a révélé que les cellules contenant des protéines ACE2 provenant d'êtres humains, de chauves-souris rhinolophes, de civettes et de porcs pouvaient être infectées par le virus, contrairement, par exemple, aux cellules de souris.

Une fois qu'il est clair quelles cellules peuvent être infectées en laboratoire, il est nécessaire de faire des tests avec des animaux vivants dans un environnement contrôlé, indique Baric. À cette fin, l'Institut Friedrich-Loeffler, principal organisme fédéral allemand de recherche sur la santé animale, expose des porcs, des poulets, des chauves-souris frugivores et des furets au virus pour déterminer si ces espèces peuvent être infectées et si le virus peut se reproduire dans leur organisme. Si le virus le peut, ces animaux seraient considérés comme des réservoirs potentiels. Les premiers résultats suggèrent que les chauves-souris frugivores et les furets seraient des réservoirs potentiels, contrairement aux porcs et aux poulets.

Des porcs domestiques errent en Colombie-Britannique, en Caroline du Sud. Les porcs ont été identifiés comme l'un des futurs hôtes potentiels du nouveau coronavirus.

Photographie de Vincent J. Musi, Nat Geo Image Collection

Une expérience similaire, publiée ce mois-ci dans une étude préliminaire, a révélé que le virus se répliquait mal chez les chiens, les porcs, les poulets et les canards, mais se reproduit bien chez les furets et les chats, les félins étant capables de propager le virus par projection de gouttelettes. Il s'agissait d'une étude conduite en laboratoire, note Wang, et cela ne signifie donc pas nécessairement que cela se produira dans le monde réel.

Pour Ralph Baric, il est tout aussi important de tester les animaux dans leur milieu naturel. « Les coronavirus changent fréquemment d'hôte », dit-il. « En fin de compte, vous devez sortir [du laboratoire] et étudier la faune. » Ces types d'études sont très difficiles à mener, indique Wang, et pour le moment la plupart des études sur la faune se concentrent sur la recherche des espèces susceptibles de propager le virus en premier lieu, pas sur les espèces qui pourraient l'héberger à l'avenir.

 

DES HUMAINS AUX ANIMAUX

Parmi les animaux qui se révèlent être sensibles au virus, ceux avec lesquels les Hommes passent le plus de temps sont les plus susceptibles d'être infectés, explique Peter Daszak, écologiste des maladies et président d'EcoHealth Alliance. Peter Daszak faisait partie d'une équipe de surveillance de virus qui, en 2017, a mis en garde les autorités contre plusieurs virus de type SRAS présents dans une grotte où des chauves-souris avaient élu domicile dans le sud de la Chine. 

Même si le virus se propage à une nouvelle espèce, il n'y a aucune certitude qu'il colonisera et persistera chez cet animal, selon les virologues. Il y a beaucoup de facteurs qui doivent être réunis pour qu'un animal devienne non seulement un hôte mais également un hôte capable de retransmettre le virus à l'Homme.

S'il s'avère que le virus peut infecter un animal de ferme, alors celui-ci pourra transmettre une maladie grave qui provoquera de nombreux décès. Dans ce cas, le virus pourrait être repéré et l'épidémie contenue. Par contre si le virus infecte des animaux qui ne présentent que des symptômes généraux, comme la diarrhée, que l'on associe à des maladies plus courantes, voire qui ne présentent aucun symptôme, le virus pourrait circuler sans être détecté. Il pourrait par là-même ne jamais réinfecter les Hommes - ou, en quelques mois, déclencher une nouvelle épidémie.

La meilleure approche pour la surveillance, dit Daszak, est de tester stratégiquement des espèces clefs à la recherche d'anticorps contre le virus - signe que l'animal a remporté la bataille virale. Luke O'Neill, immunologiste au Trinity College de Dublin, affirme que les tests d'anticorps sont bon marché et faciles d'utilisation. « C'est comme un test de grossesse », dit-il. « Avec une goutte de sang, vous pouvez voir en quelques minutes si vous avez ou non ces anticorps. »

La probabilité que le virus passe d'un être humain malade à un animal est « faible », explique Daszak. Mais encore une fois, ajoute-il, « il était peu probable qu'il apparaisse en premier lieu. »

Le tigre malais du zoo du Bronx, à New York, a ainsi probablement contracté le virus en étant en contact avec un soigneur asymptomatique.

 

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Cet article a initialement paru sur le site nationalgeographic.com en langue anglaise.
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